Le conseguenze non tardano ad arrivare. Organizzazioni criminali di stampo mafioso incendiano prima la sua macchina, poi la casa dove vive. Nel 2016 — anni dopo — qualcuno lascia davanti alla porta di casa sua un cuore e un fegato. Messaggi inequivocabili, che Bonelli non racconta spesso ma che fanno parte della sua storia.
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La Regione Lazio, il Parlamento e la battaglia contro l’Ilva di Taranto
Dopo l’esperienza municipale, Bonelli diventa consigliere regionale del Lazio e poi assessore all’Ambiente e alla cooperazione tra i popoli della Regione Lazio — una carica da cui si dimette nel 2006 dopo essere stato eletto alla Camera dei Deputati, dove assume la presidenza del gruppo parlamentare dei Verdi fino al 2008. Nel 2009 viene eletto presidente della Federazione dei Verdi, poi coordinatore nazionale.